Kiel malfermi, redakti kaj konverti PDB-dosierojn
Arkivo kun la dosiero de dosiero de PDB estas plej verŝajne dosiero kreita en la Programa Datuma formato, kiu estas uzata por teni informojn pri programo aŭ modulo, kiel DLL aŭ EXE- dosiero. Ili foje estas nomataj simbolo-dosieroj.
PDB-dosieroj mapas diversajn erojn kaj deklarojn en fonta kodo al ĝia fina kompila produkto, kiun la elpurigilo povas tiam uzi por trovi la fonta dosieron kaj la lokon en la ejektabla, ĉe kiu ĝi devus ĉesigi la elpurigadon.
Iuj PDB-dosieroj povus esti en la formato de dosiero Protein Datenbanko. Ĉi tiuj PDB-dosieroj estas klaraj tekstaj dosieroj kiuj stokas koordinatojn pri proteaj strukturoj.
Aliaj PDB-dosieroj verŝajne estas kreitaj en Palm Palm-formato aŭ PalmDOC-dosiero kaj uzataj kun la movebla sistemo de PalmOS. Iuj dosieroj en ĉi tiu formato anstataŭe uzas la etikedon .PRC-dosiero.
Kiel Malfermi PDB-dosieron
Malsamaj programoj uzas sian propran PDB-dosieron por stoki datumojn laŭ ia strukturita datumbaza formato, do ĉiu apliko estas uzata por malfermi sian propran tipon de PDB-dosiero. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio kaj Pegasus estas nur kelkaj ekzemploj de programoj, kiuj povus uzi PDB-dosieron kiel datumbazan dosieron. Radare kaj PDBparse eble funkcios por malfermi PDB-dosierojn.
Iuj PDB-dosieroj estas stokitaj kiel klara teksto, kiel Ĝeneralaj Programoj pri Debug-datumbazo, kaj estas tute homa-legeblaj se ili malfermiĝas en tekst-redaktilo. Vi povas malfermi ĉi tiun tipon de PDB-dosiero kun iu ajn programo, kiu povas legi tekston, kiel la enkonstruita Notepad-programo en Vindozo. Iuj aliaj PDB-dosieroj kaj redaktistoj inkluzivas Notepad ++ kaj Brackets.
Aliaj dosieroj de datumbazo de PDB ne estas dokumentaj tekstoj kaj estas nur utilaj kiam ili malfermiĝas kun la programo, kiun ĝi celis. Ekzemple, se via dosiero PDB rilatas al Rapida maniero, tiam provu uzi tiun programaron por vidi aŭ redakti la PDB-dosieron. Vida Studio atendas vidi PDB-dosieron en la sama dosierujo kiel la DLL aŭ EXE-dosiero.
Vi povas vidi kaj redakti PDB-dosierojn, kiuj estas dosieroj de Protein Datenbanko, en Windows, Linukso, kaj MacOS kun Avogadro. Jmol, RasMol, QuickPDB, kaj USCF Chimera ankaŭ povas malfermi PDB-dosieron. Pro tio ke ĉi tiuj dosieroj estas klara teksto, vi povas ankaŭ malfermi la PDB-dosieron en teksta redaktilo.
Palm-labortablo devus malfermi PDB-dosierojn, kiuj estas en la Palm-datumbaza dosiero, sed eble vi devas unue renomi ĝin por havi la .PRC-dosieron-etendon por tiu programo por rekoni ĝin. Por malfermi PalmDOC PDB-dosieron, provu STDU Viewer.
Kiel Konverti PDB-dosieron
Programaj Datumaj dosieroj plej verŝajne ne konvertiĝos al malsama dosierformato, almenaŭ ne kun regula dosier-konvertilo . Anstataŭe, se ekzistas ia ilo, kiu povas konverti ĉi tiun tipon de PDB-dosiero, ĝi estus la sama programo, kiu povas malfermi ĝin.
Ekzemple, se vi devas konverti vian dosieron de datumbazo de PDB de Quicken, provu uzi tiun programon por fari ĝin. Tamen ĉi tiu tipo de konvertiĝo verŝajne ne nur malmulte uzas, sed ankaŭ ne subtenas ĉi tiujn datumbazajn aplikojn (te vi verŝajne ne bezonas konverti ĉi tiun tipon de PDB-dosiero al iu ajn alia formato).
Proteinaj Datenbanko-dosieroj povas esti konvertitaj al aliaj formatoj kun MeshLab. Por fari tion, vi eble devas unue konverti la PDB-dosieron al WRL kun PyMOL el la dosiero File> Save Image As> VRML , kaj tiam importi la WRL-dosieron en MeshLab kaj uzi la dosieron File> Export Mesh As por finfine transformi la PDB dosiero al STL aŭ alia dosierformato.
Se vi ne bezonas la modelon esti en koloro, vi povas eksporti la PDB-dosieron rekte al STL kun USCF Chimera (la elŝuta ligilo estas supre). Alie, vi povas uzi la saman metodon kiel supre (kun MeshLab) por konverti PDB al WRL kun USCF Chimera kaj poste eksporti la WRL-dosieron al STL kun MeshLab.
Por konverti PDB al PDF aŭ EPUB , se vi havas PalmDOC-dosieron, eblas plurajn manierojn, sed la plej facila verŝajne estas uzata interreta PDB-konvertilo kiel Zamzar . Vi povas alŝuti vian PDB-dosieron al tiu retejo por havi la eblon de igi ĝin al tiuj formatoj tiel kiel al AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT, kaj aliaj e-dosieroj-formatoj.
Por konverti la PDB-dosieron al la FASTA-formato, povas esti farita per la interreta PDB de Meiler Lab al FASTA-konvertilo.
Ankaŭ eblas konverti PDB al CIF (Crystallographic Information format) en linio per PDBx / mmCIF.
Altnivela Legado pri PDB-dosieroj
Vi povas legi multe pli pri Programaj Datumaj dosieroj de Microsoft, GitHub kaj Wintellect.
Estas pli por lerni pri Protein Data Bank-dosieroj ankaŭ; vidi tutmondan Protein-Datenbankon kaj RCSB-PDB.
Ĉu Via Arkivo Ankoraŭ Ne Malfermas?
PDB-dosieroj, kiuj ne malfermiĝas per iu ajn el la iloj de supre, verŝajne ne estas PDB-dosieroj. Kio okazos estas, ke vi malrapidigas la dosieron-etendon; iuj dosieraj formatoj uzas sufikson, kiu simile alproksimigas ".PDB" kiam ili vere ne rilatas kaj ne funkcias samaj.
Ekzemple, PDF-dosiero estas dosiero de dokumentoj, sed la plej multaj programoj de supre ne rekomencos la tekston kaj bildojn, se vi provos malfermi unu el ĉi tiuj programoj. La sama estas vera por aliaj dosieroj kun similaj literoj, kiel PD, PDE, PDC kaj PDO-dosieroj.
PBD estas alia, kiu apartenas al la programo EaseUS Todo-Rezervaĵo kaj do estas nur utila kiam ĝi malfermiĝas kun tiu programaro.
Se vi ne havas dosieron PDB, tiam esploru la dosieron de dosiero, kiun via dosiero havas, por ke vi povu trovi la taŭgan programon, kiu malfermas aŭ konvertas ĝin.